Auf nationaler Ebene sind fünf Biotopinventare in Kraft: Hoch- und Übergangsmoore, Flachmoore, Auengebiete, Amphibienlaichgebiete sowie Trockenwiesen und -weiden. Für die meisten dieser Lebensräume gibt es ebenfalls Inventare auf regionaler Ebene. Diese Lebensräume sollen erhalten, den Schutzzielen entsprechend gepflegt und die biotoptypischen Arten gefördert werden.
Das UNA ist Teil der Biotopberatung, welche das BAFU bei der Umsetzung der Moorlandschafts- und Biotopinventarverordnungen unterstützt. Zudem führt es für die Kantone Kartierungen durch und erarbeitet Grundlagen zur Erhaltung und Aufwertung der Inventarflächen.